Karena penampilan apiknya inilah, akhirnya Persija Jakarta merekrutnya. Namun sebelum menembus tim utama Persija, Frengky Missa harus berjuang lebih dulu bersama Persija Jakarta U-18 di Elite Pro Academi Liga 1 U-18.
Berkat penampilannya yang gigih dan berlatih giat dirinya berhasil kantongi beberapa piala dan penghargaan jadi pemain terbaik dan top skor. Karir dari Frengky Missa berhasil terus menanjak setelah ikut jadi pemain PON XX di Papua mewakili Provinsi NTT.
